ヤマハ発動機が鈴鹿8耐に初めてファクトリーチームで参戦したのは1984年（上野真一/河崎裕之：XJ750）。初優勝は1987年、マーチン・ウイマーとケビン・マギー（YZF750）ペアが達成した。1988年には、後にWGP500で3連覇を果たすウェイン・レイニーとマギー（YZF750）が2連覇。そして1990年は、16万人の大観衆が見守る中、5回目の挑戦となった平忠彦がエディ・ローソンと組み「YZF750」で勝利をあげ3勝目。4回目の勝利は1996年、22歳のコーリン・エドワーズと21歳の芳賀紀行の若いコンビによってもたらされた。以降当社はファクトリー参戦を2002年まで続け一つの区切りをつけた。

ファクトリーチームの再始動は、ヤマハ発動機創立60周年となる2015年、フルモデルチェンジを行った新型「YZF-R1」の発売を機にエースナンバー「21」をつけて13年ぶりに復活。全日本の絶対王者に成長した中須賀克行を軸に、MotoGP世界選手権やスーパーバイク世界選手権（WorldSBK）に参戦するトップライダーとともに、2018年まで4連覇を達成し、新たな歴史を刻むと同時にR1の「真価」を見せつけた。

5連覇を目指した2019年は、残り2分、2番手走行中にトップが転倒し暫定優勝となるも、その後の審議で結果が改訂され2位。目標には届かなかったが再び8耐で大きなドラマを描き、同時に、この年をもってファクトリー活動を休止することとなった。

そしてヤマハ発動機創立70周年とウィングレットを装備した新型R1がデビューした2025年。R1の戦闘力を改めて世界に発信するとともに、世界が注目する鈴鹿8耐で勝利を目指しそのチャレンジする姿で世界中に感動と感謝の気持ちを届けることを目的に、2019年以来6年ぶりにファクトリーチームを復活。

ライダーはファクトリーチームの要となる中須賀をはじめMotoGPに参戦するジャック・ミラー（Prima Pramac Yamaha MotoGP）、WorldSBKに参戦するアンドレア・ロカテッリ（Pata Maxus Yamaha WorldSBK Official Team）を起用し、「YZF-R1」は当社レーシングマシンの伝統的なカラーリングの一つであるホワイト×レッドを採用。デザインは1999年の鈴鹿8耐に参戦した「YZF-R7」をベースにリデザインした特別なカラーリングとし、チーム名も当時と同じ「YAMAHA RACING TEAM」で参戦した。結果はトップと同一の217周を走破しわずかな差で2位となった。

そして2026年もファクトリーチームで継続参戦を決定。マシン、チームクルー、ピットワーク、レースストラテジーなどをライバルと比較・分析し、可能な範囲でブラッシュアップを行った。マシンは、2019年以降、中須賀をはじめJSB1000のチャンピオンライダーたちが全日本で「減速～加速」という基本性能を磨いてきたファクトリーマシンをベースにブラッシュアップ。ライダーラインアップは、すでに強固なチームワークが出来上がり、マシンにも順応性がある現状最高のパッケージとなる中須賀、ミラー、ロカテッリを継続。決勝では、2019・2025年に逃した「優勝」を取り戻し、7年ぶり9回目の頂点を目指す！

※2026年5月1日現在の情報です。